sRNA测序
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经由过程高通量测序研讨特定构造在特定形态下的所有已知small RNA。

 
样本范例
total RNA
 
样本总量
≥ 2 μg
 
托付周期
45天(可加急)

服务引见

 

Small RNA次要包罗microRNA、siRNA(small interfering RNA)、piRNA(piwi-interacting RNA)三类。Small RNA的功用次要是细胞发展、分化,以及个体发育、生殖等主要生物学历程。Small RNA测序是研讨特定构造在特定形态下的所有已知small RNA,也可发明物种或构造特异small RNA并猜测其靶基因,为研讨small RNA的功用及基因调控机制供给了有力东西。

手艺流程

 

样本质检

文库制备

上机测序

数据质控

数据阐发

技术参数

 

测序战略

HiSeq

数据量

10~20 M clean reads

信息阐发

 
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1

Reads QC/QA

2

大众序列和特异序列的阐发

3

小RNA在选定的参考基因组上的散布

4

已知miRNA挑选

5

新miRNA猜测

6

分类正文

7

靶基因猜测

8

靶向转录本阐发

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Gilam, A., et al., Local microRNA delivery targets Palladin and prevents metastatic breast cancer. Nature Communications, 2016. 7: p. 12868.

癌细胞转移是女性乳腺癌死亡率的主要原因。由microRNA调控的基因表达关于避免癌细胞的分散很重要。为了肯定在乳腺癌开展中起重要地位,以及能够被用来抑止肿瘤转移的特异性microRNA,研讨小组起首停止了大量生物信息学阐发。他们比力了三个数据集:一是已知的SNPs;二是经由过程microRNA与基因组分离的位点;三是已知与细胞运动有关的乳腺癌相干基因。阐发显现单核苷酸多态性rs1071738影响癌症转移。这个SNP毁坏两个microRNA——miR-96和miR-182的分离。这类毁坏避免两个microRNA调控卵白Palladin的表达。先前的研讨曾经表白,Palladin在乳腺癌细胞中的迁徙以及后续入侵其它安康器官是在乳腺癌构成历程中起着枢纽的感化。体外尝试中发明用miR-96和miR-182能低落Palladin的表达程度,从而低落乳腺癌细胞的迁徙和侵袭其它构造的才能。研究人员以后开辟了一个递送microRNAs到乳腺癌肿瘤的办法。他们将含有microRNAs的纳米颗粒嵌入水凝胶支架,然后植入小鼠,成果该办法可使microRNAs高效、准确的通报到目的乳腺癌肿瘤部位。为了进一步提高医治的有效性,研究者们将化疗药物顺铂增长到纳米颗粒上,招致原发肿瘤的发展和转移明显削减。这项研讨为尝试医治与传统化疗分离抑止癌症转移供给了新思路。

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图1. 多组学数据整合提醒体内医治新方法。

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图2. miR-96和miR-182调理Palladin卵白表达。

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